ნეო, ტრინიტი და მორფეუსი აგრძელებენ ბრძოლას ხელოვნური ინტელექტის წინააღმდეგ, რომელიც დედამიწაზე ბატონობს. მატრიცის ძალაუფლებას უფრო და უფრო მეტი ადამიანი აღწევს თავს - ისინი საყოველთაო აჯანყებისათვის ემზადებიან. კომპიუტერული სისტემის უზარმაზარი არმია დაპროგრამებულია იპოვოს და გაანადგუროს რეალური სამყაროს უკანასკნელი ქალაქი, ზეონი.